1、申请主体不同。申请争议的人只能是在先注册的商标所有人，而不当注册商标的撤销请求人可以为被请求撤销商标注册人之外的任何人，甚至可以直接由商标局依职权撤销；商标异议的请求人则为任何人。
2、适用对象不同。被争议的商标和被撤销的商标必须是已经注册的商标，而被提出异议的商标是初步审定并公告但尚未被核准注册的商标；商标异议程序是商标被核准注册的必经程序，但对注册商标争议的裁定及商标注册无效的补正不是必经程序。
3、法定期限不同。对已经注册的商标提出争议的时间为自被争议的注册商标核准注册之日起5年内；提出商标异议的商标异议的时间为自该商标初步审定并公告之日起3个月内；提出不当注册商标的补正请求时间则因不同情况而有所不同。
4、申请事由不同。注册商标争议的理由，即是在后注册的商标与用于同一种或类似商品上在先注册的商标相同或近似，其理由不能与核准注册前 已提出异议并经裁定的事由和理由相同； 提出异议的理由是，经商标局初步审定并公告的商标违反了商标法的某一规定；撤销注册不当的商标的理由，是该注册商标违反了《商标法》第10条、第11条和第12条的规定，或者是注册申请人采用了欺骗手段或者其他不正当手段获得注册，以及违反商标法第13条、第15条、第16条和第31条规定而取得注册的商标。
5、受理机关不同。争议必须向商标评审委员会提出，由商标评审委员会作出裁定；异议则应向商标局提出，对商标异议的裁定不服的，当事人可 向商标评审委员会申请复审；对注册商标的撤销，既可以由商标局依职权决定，也可以由他人请求商标评审委员会裁定，由商标评审委员会作出裁定，但对于由商标 局作出的决定，商标注册人还可请求商标评审委员会复审。
