建立部门合作与政策协调的长效机制，构建责权分明、监管与操作分离的认定管理工作体系，是新《认定办法》在高新技术企业认定工作的一次重大改革。

为了做好企业认定和政策落实工作，新《认定办法》加大了部门合作与政策协调力度。科技部与财政部、国家税务总局建立了联合工作机制，省级科技主管部门与同级财政、税务部门共同进行高新技术企业认定工作，通过这一改革措施，保证认定企业与享受政策同步进行。

在组织管理方面，新《认定办法》设立了“部门决策、地方认定、机构监管”的认定管理工作体系。科技部、财政部、国家税务总局三部门联合成立认定工作领导小组，作为决策层，研究决定高新技术企业认定工作原则，解决科技、财政、税务部门在高新技术企业认定及相关政策落实中出现的重大问题。认定工作领导小组下设办公室，作为监管层，负责认定工作的备案管理，监督、检查全国高新技术企业认定工作和相关政策的落实情况。省级科技部门与同级财政、税务部门组成高新技术企业认定管理机构，作为认定机构，负责本地区高新技术企业认定工作，并通过会商制度及时解决高新技术企业认定及税收政策落实中出现的有关问题。新《认定办法》还通过公示公告、投诉处理、日常检查等措施加强过程监管，接受社会监督，充分体现了公共政策公开、公平、公正的原则。

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